肠炎的原因较多，肠炎的原因主要如下病毒性肠炎见于犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬猫冠状病毒、猫泛白细胞减少病病毒等引起的肠炎。

细菌性肠炎见大肠杆菌、沙门氏菌、耶尔森氏菌(引起小肠结肠炎)、毛样产芽胞杆菌、空肠弯曲杆菌、梭菌(犬出血性胃肠炎)等引起的肠炎。

真菌性肠炎见组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白念珠菌等引起的肠炎。

寄生虫性肠炎见鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫、钩虫等引起的肠炎。

采食异物、污染或腐败变质食物、刺激性化学物质(毒物或药物等)、某些重金属中毒，以及某些变态反应(嗜酸性细胞性肠炎、浆细胞淋巴细胞性肠炎)等都能引起肠炎。

肠炎的原因也有滥用抗生素，改变了肠道存在的微生物区系，或出现耐抗生素菌株而引起的肠炎。

肠炎时排的粪便有水样便、稀软便、胶冻状便、黑色便或带血便等，有的粪便有难闻的臭味。腹泻和呕吐常常引起动物机体脱水、电解质丢失、碱中毒(以呕吐为主)或酸中毒(以腹泻为主)。